6 июля 2009 года, после продолжительной болезни, Василий Павлович Аксёнов скончался в Москве, в НИИ им. Склифосовского. Василий Аксёнов был похоронен 9 июля 2009 года на Ваганьковском кладбище в Москве. К октябрю 2008 года в Казани планировалось восстановить дом, где в отрочестве жил писатель, и создать там музей его творчества.
В октябре 2009 года был издан последний законченный роман Василия Аксёнова — «Таинственная страсть. Роман о шестидесятниках», отдельные главы которого публиковались в 2008 году в журнале «Коллекция каравана историй». Роман автобиографичен; его главными героями стали кумиры советской литературы и искусства 1960-х: Роберт Рождественский, Евгений Евтушенко, Белла Ахмадулина, Андрей Вознесенский, Булат Окуджава, Андрей Тарковский, Владимир Высоцкий, Эрнст Неизвестный, Марлен Хуциев и другие. Для того, чтобы дистанцироваться от мемуарного жанра, автор дал персонажам романа вымышленные имена.
В 2010 году увидел свет неоконченный автобиографический роман Аксёнова «Ленд-лизовские».